من منطلق الأمر السامي الكريم رقم 3064 / م ب وتاريخ 23/3/ 1428 هـ القاضي بتسمية مدينة الملك عبدالله الطبية بالعاصمة المقدسة من أكبر المدن الطبية بالمملكة بسعة سريريه 1500 سرير تأكيداً على حرص ولاة الأمر يحفظهم الله على راحة المواطنين والمقيمين وتقديم الرعاية الصحية والخدمة الطبية التخصصية الشاملة لهم أخذاً بمبدأ تحقيق كفاية الخدمات وجودتها لطالبي الخدمة وتلبية للحاجة المتزايدة للخدمات الطبية التخصصية بالعاصمة المقدسة .

وإنفاذاً للتوجيه السامي الكريم، تم الشروع في التنسيق بين وزارتي المالية والصحة لإعداد الميزانية التشغيلية لهذا الصرح الطبي الكبير، والذي بورك بما أولاه معالي وزير الصحة تبعاً لذلك من تشكيل مجلس إدارة للمدينة بصدور القرار الوزاري رقم 57962/1/29 في 4/7/1429هـ ليتولى ضمن مهامه الإعداد والتهيئة لتقديم خدمات طبية تخصصية شاملة لأبناء العاصمة المقدسة على أن تشمل هذه الإعدادات الأخذ في الاعتبار المستجدات الطبية المتطورة تحقيقاً لتوجيهـــات ولاة الأمر رعاهم الله بتغطية كل ما من شأنه سد حاجة المواطنين والمقيمين في هذه البقعة المقدسة من بلادنا الحبيبة .

بناء على ذلك قام مجلس الإدارة والإدارة التنفيذية بالمدينة بإعداد دراسة عميقة لاحتياجات العاصمة المقدسة وما جاورها من الخدمات الصحية بُنيَت على مراجعة الإحصاءات الرسمية الواردة من وزارة الصحة والسجـــل الوطني للأورام وخطط التنمية للوصول إلى الخدمات الطبية التخصصية المستهدفة لتضمينها للخطة التشغيلية للمدينة للوصول إلى كل ما يلبي احتياج المواطن والمقيم في هذا المكان المقدس، وبناء على ما تم من إعدادات وتهيئة ودراسات وجهود مباركة ابتداء من مجلس إدارة المدينة واللجان التي شكلت في كل تخصص، أصبحت بذلك المدينة على صعيد الواقع والتي صدر بحقها ما يلي:
أولاً: صدور مسمى المدينة الطبية باسم مدينة الملك عبدالله الطبية بموجب الأمر البرقي السامي الكريم رقم 3064/م ب وتاريخ 23/03/1428هـ ، بحيث تشتمل المدينة الطبية على ثلاث مستشفيات - مستشفى منى العام البديل (المستشفى التخصصي) ومستشفى النور التخصصي ومستشفى الولادة والأطفال - بسعة إجمالية 1500 سرير .
ثانياً : صدر الأمر البرقي السامي الكريم رقم 6838/م ب وتاريخ 07/09/1429هـ بتغيير مستشفى منى العام البديل إلى المستشفى التخصصي بمدينة الملك عبدالله الطبية.

ثالثاً : صدر القرار الوزاري رقم 56697/1/29 وتاريخ 02/07/1429هـ بتكليف مشرف عام على مدينة الملك عبدالله الطبية ويرتبط بوكيل الوزارة للشؤون التنفيذية أسوة بمدينة الملك فهد الطبية بمنطقة الرياض ومستشفى الملك فهد التخصصي بالمنطقة الشرقية لإعطاء مرونة في اتخاذ القرار بما يتماشى مع توجه الوزارة اللامركزية حيث أثبتت التجربة ولله الحمد نجاحها في هذه المناطق.
رابعاً : صدر القرار الوزاري رقم 57962/1/29 وتاريخ 04/07/1429هـ بتشكيل مجلس إدارة مدينة الملك عبدالله الطبية برئاسة وكيل الوزارة للتخطيط والتطوير وعدد من الأعضاء شاملاً مدير عام الشؤون الصحية بمنطقة مكة المكرمة وذلك حرصاً منا على إثراء وتكامل الخدمة الصحية في منطقة مكة المكرمة .
خامساً: صدر القرار الوزاري رقم 206726/1/29 وتاريخ 06/11/1429هـ القاضي بمنح الصلاحيات الإدارية والمالية للمشرف العام على مدينة الملك عبدالله الطبية وذلك امتداداً لإعطاء هذه المدينة الطبية أكبر مرونة ممكنة مما يرفع بإذن الله مستوى الخدمة الصحية.
سادساً: صدر القرار الوزاري رقم 118473/1/29 وتاريخ 21/08/1429هـ بتشكيل مجلس إدارة المدن الطبية والمستشفيات بالمملكة التي تتبع لوزارة الصحة برئاسة معالي وزير الصحة الدكتور/ عبدالله بن عبدالعزيز الربيعه